Ciao pixel,
da quanto hai scritto sicuramente la scelta di sviluppare un set di servizi o web services sembra la più idonea. Questo ti garantisce l'interoperabilità con client diversi e su piattaforme differenti. Lo svantaggio più rilevante, così ad un primo impatto, mi sembra più che altro legato alla sicurezza dei dati e dei messaggi trasmessi, che dovranno essere adeguatamente criptati e firmati per garantire un minimo di riservatezza.
Basandomi su quanto hai scritto posso dire solo questo. Se ti servono altre info magari più specifiche, chiedi pure.
Ciao,
Fabio
Fabio Cozzolino
CoFounder of DotNetSide - Dot Net South Italy Developers
Microsoft MCAD.NET
Blog: http://blogs.dotnetside.org/fabio